Grundsätzlich würde ich sagen Variante 1 "richtiger" ist. Obwohl natürlich beides funktioniert. Eine überall gültige Vorschrift gibt es nicht. Als erstes zählt das Lastenheft deines Kunden (falls es ein Programmierspezifisches gibt), dann der Standard deiner Firma, dann die Wünsche der Instandhaltung deines Kunden (falls die kein Lastenheft geschrieben haben) und irgendwo gibts auch noch Siemens Programmierleitfäden.
Ich sage Variante 1 ist besser weil:
1. Ausgänge sollten nur einmal beschrieben werden (bei einem SR Glied sinds streng genommen zweimal)
2. Ausgänge sollten nicht gelesen werden. Falls du in deinem Programm mal wissen musst ob die Hydraulik an ist, ist es "schöner" den Merker SR1 zu lesen als den Ausgang.
Und anstatt einem Merker würde ich einen Variable in einem Global-DB verwenden und die sinnvoll benennen. z.B. Maschinenstatus.Hydraulik_ein