Also,
ab Softwareversion 3.3 (Gratis Update) ist Profinet Standardmäßig, wobei der UR hier als device und nicht als Steuerung fungiert.
Updatebar sind alle CB3.1 Varianten der UR, unabhängig von der Größe.

Das mit dem selbst durchfahren passiert nur bei Linearen bewegungen. Wenn man mit einem MoveJ Befehl fährt hat man da keine Probleme. Auch nicht mit Singularitäten.

Zu der eigentlich gestellten Frage zu den Konfigurierbaren Ein/Ausgängen: Schau im Handbuch mal bei den Sicherheitseinstellungen nach, dort sollten weitere Sicherheitstechnische möglichkeiten für die Config I/O´s sein.
Zudem können auch die Config I/O´s wenn diese nicht für Sicherheitstechnik gebraucht werden, auch als normale ein und ausgänge verwendet werden.

Zudem lieber Larry Laffer hat der UR Standardmäßig in seinem Schaltschrank 16 DI´s und 16 DO´s. Die von Ihnen beschriebene Variante ist ein CB2 Controller der seit Anfang letzem Jahr nicht mehr produziert wird.