Der erste Gedanke, der mir dabei kommt:
Du sagtest "altes Projekt", ich sehe Twincat2 und du spricht von tausenden persistenten Variablen.
Die SD-Karte ist zwar nicht voll, aber sie hat wahrscheinlich einiges an Schreib-/Lesezyklen hinter sich.
Kann es also sein, dass die SD-Karte einfach kurz...