Wie soll verglichen werden, dass bei mehr oder weniger gleichen Inputs der S5 und der S7 die Outputs gleich geschalten werden? Automatisiert per Programm, von Hand per Beobachten? Spätestens wenn Timer ins Spiel kommen und der Timer in der einen SPS gerade so seinen Wert erreicht und in der anderen SPS gerade noch nicht, läuft das Programm auseinander(und da reichen 1 bis 2 Millisekunden Differenz bedingt durch unterschiedliche Zykluszeiten!) und die eine SPS ist beispielsweise schon in einem anderen Schritt einer Schrittkette als die andere SPS. Knackpunkte sind erfahrungsgemäß nicht die banalen I/Os sondern die spezielleren Sachen wie Kommunikation mit Geräten usw.
Ich würde schauen, dass ich die HMIs im Büro vorab möglichst gut teste (gekoppelt an die SPS), der Rest ergibt sich an der reellen Anlage.