Soooo....
Ehe Nero noch alles niederbrennt, hier mal ein Versuch von mir...
Du hast geschrieben:
"Wenn der Scahlter auf "Auto" gestellt wird wird die positive Flanke angespeichert."
Ich hoffe mal, das Du Deine Flanke nicht im FC erzeugt (gespeichert)hast. Wenn Du sie aber doch im FC erzeugt (gespeichert) hast, verwendest Du in Deinem FC einen Merker oder eine lokale Variable?
Wenn Du eine lokale Variable Deines FC verwendet haben solltest, ist diese nach dem Verlassen Deinen FCs wieder ungültig, d.h. beim nächsten Durchlauf wäre Deine gespeicherte Flanke wieder weg.